Dra. Ana María Ibarra Humphries
[ Foto Personal ]
MÁXIMO GRADO DE ESTUDIOS: Doctorado

Doctorado en Genética, University of California at Davis, EUA.

CATEGORÍA: Investigador Titular D (ITD)

NIVEL SNI: III

 ÁREA DE ADSCRIPCIÓN:

  • Programa de Acuicultura
LÍNEAS O ESPECIALIDADES DE INVESTIGACIÓN:

  • Biotecnologías de poliploidía en moluscos con fines productivos y de mitigación
  • Genética y genómica del pectínido Nodipecten subnodosus asociada al arresto reproductivo y crecimiento muscular en triploides
  • Genómica y genética de la capacidad reproductiva del camarón blanco Litopenaeus vannamei: desarrollo de herramientas transcriptómicas
  • Mejoramiento genético del ostión Crassostrea gigas y desarrollo de herramientas transcriptómicas para la selección asistida por marcadores moleculares
PUBLICACIONES SELECTAS:

  • Arredondo-Espinoza R.C., Ibarra A.M., Roberts B. S., Sicard-Gonzalez M.T., Escobedo-Fregoso C. 2021. Differentially methylated gene regions between resistant and susceptible heat-phenotypes of the Pacific oyster Crassostrea gigas. AQUACULTURE 543, 1-8. ISSN: 0044-8486. Netherlands. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2021.736923
  • Juárez O.E., Escobedo-Fregoso C., Arredondo-Espinoza R.C., Ibarra A.M. 2021. Development of SNP markers for identification of thermo-resistant families of the Pacific oyster Crassostrea gigas based on RNA-seq. AQUACULTURE 539, 1-10. ISSN: 0044-8486. Netherlands. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2021.736618
  • Hernandez-Ibarra K., Ramirez J.L., Ibarra A.M. 2020. The karyotype of the Pacific lion-paw scallop Nodipecten subnodosus (Sowerby, 1835). J. OF SHELLFISH RESEARCH 39(2), 353-358 ISSN: 0730-8000. USA. https://doi.org/10.2983/035.039.0217
  • Galindo-Torres P., Ventura-Lopez C., Llera-Herrera R., Ibarra A.M. 2019. A natural antisense transcript of the fem-1 gene was found expressed in female gonads during the characterization, expression profile, and cellular localization of the fem-1 gene in Pacific white shrimp Penaeus vannamei (Boone, 1931). GENE 706, 19-31. ISSN: 0378-1119. Netherlands. https://doi.org/10.1016/j.gene.2019.04.066
  • Hernandez-Ibarra N.K., Morelos R.M., Ramirez J.L., Cruz P., Leitch A.R., Ibarra A.M. 2019. Chromosomal and molecular characterization of 5S rDNA genes in the North American abalones Haliotis rufescens Swainson (red abalone) and H. fulgens Philippi (blue abalone). GENE 695, 65-74. ISSN: 0378-1119. Netherlands. https://doi: 10.1016/j.gene.2019.02.003
  • Lopez-Cuadros I., Garcia-Gasca A., Gómez-Anduro G., Escobedo-Fregoso R., Llera-Herrera R.A., Ibarra A.M. 2018. Isolation of the sex-determining gene Sex-lethal (Sxl) in Penaeus (Litopenaeus) vannamei (Boone, 1931) and characterization of its embryogenic, gametogenic, and tissue-specific expression. GENE 668, 33-47. ISSN: 0378-1119. Netherlands. https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.05.024
  • Galindo-Torres P.E., García-Gasca A., Llera-Herrera R., Escobedo-Fregoso C., Abreu-Goodger C., Ibarra A.M. 2018. Sex determination and differentiation genes in a functional hermaphrodite scallop, Nodipecten subnodosus. MARINE GENOMICS 37, 161-175. ISSN: 1874-7787. Netherlands. https://doi.org/10.1016/j.margen.2017.11.004
  • Bayne B. L., M. Ahrens, S. K. Allen, M. Anglès D'auriac, T. Backeljau, P. Beninger, R. Bohn, P. Boudry, J. Davis, T. Green, X. Guo, D. Hedgecock, A. Ibarra, P. Kingsley-Smith, M. Krause, C. Langdon, S. Lapègue, C. Li, D. Manahan, R. Mann, L. Perez-Paralle, E. N. Powell, P. D. Rawson, D. Speiser, J.-L. Sanchez, S. Shumway, H. Wang. 2017. The Proposed Dropping of the Genus Crassostrea for All Pacific Cupped Oysters and Its Replacement by a New Genus Magallana: A Dissenting View. J. SHELLFISH RESEARCH 36 (3), 545-547. ISSN: 0730-8000. USA. DOI 10.2983/035.036.0301
  • Ibarra A.M., Ramirez J.L., Maldonado R. 2017. Effects of tetraploidy condition on gamete size and testis vs ovary allocation in the functional hermaphrodite scallop Argopecten ventricosus (Sowerby II, 1842). J. SHELLFISH RESEARCH 36 (3), 641-648. ISSN: 0730-8000. ISSN: 0730-8000. USA. https://doi.org/10.2983/035.036.0313
  • Ibarra A.M., Ascencio-Michel R., Ramirez J.L., Manzano-Sarabia M., Rodriguez-Jaramillo C. 2017. Performance of diploid and triploid Crassostrea gigas grown in tropical vs. temperate natural environmental conditions. J. SHELLFISH RESEARCH 36 (1), 119-139.
  • Ventura-López C., Galindo-Torres P.E., Arcos F.G., Galindo-Sanchez C., Racotta I.S., Escobedo-Fregoso C., Llera-Herrera R., Ibarra A.M. 2017. Transcriptomic information from Pacific White shrimp (Litopenaeus vannamei) ovary and eyestalk, and expression patterns for genes putatively involved in the reproductive process. GENERAL & COMPARATIVE ENDOCRINOLOGY 246, 164–182.
  • Ventura-López C., Gómez-Anduro G., Arcos F.G., Llera-Herrera R., Racotta I.S., Ibarra A.M. 2016. A novel CHH gene from the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei was characterized and found highly expressed in gut and less in eyestalk and other extra-eyestalk tissues. GENE 582, 148–160.
  • Morelos R.M., Ramírez J.L., García-Gasca A., Ibarra A.M. 2015. Expression of the myostatin gene in the adductor muscle of the Pacific lion-paw scallop Nodipecten subnodosus in association with growth and environmental conditions. J. EXP. ZOOL. 323A, 239-255.
  • Llera-Herrera R., Garcia-Gasca, A., Abreu-Goodger, C, Huvet A., Ibarra A.M. 2013. Identification of male gametogenesis expressed genes from the scallop Nodipecten subnodosus by suppressive subtraction hybridization and pyrosequencing. PLoS ONE 8(9): e73176.
  • Llera-Herrera R.A., Garcia-Gasca, S.A., Huvet A., Ibarra A.M. 2012. Identification of a tubulin-alpha gene specifically expressed in testis and adductor muscle during stable reference gene selection in the lion's paw scallop Nodipecten subnodosus. MARINE GENOMICS 6, 33-44.
  • Petersen, J.L., Baerwald, M.R., Ibarra, A.M., May, B. 2012. A first-generation linkage map of the Pacific lion-paw scallop: Initial evidence of QTL for size traits and markers linked to orange shell color. AQUACULTURE 350-353, 200–209.
  • Arcos, F.G., Ibarra, A.M., Racotta, I.S. 2011. Vitellogenin in hemolymph predicts gonad maturity in adult female Litopenaeus (Penaeus) vannamei shrimp. AQUACULTURE 316, 93–98.
  • Petersen, J.L., Ibarra, A.M., May, B. 2010. Nuclear and mtDNA lineage diversity in wild and cultured Pacific lion-paw scallop (Baja California Peninsula, Mexico). MARINE BIOLOGY 157, 2751-2767.
  • Hernández-Ibarra, N.K., Morelos, R.M., Cruz, P., Galindo-Sánchez, C.E., Avila, S., Ramírez, J.L., Ibarra, A.M. 2010. Allotriploid genotypic assignment in abalone larvae by detection of microsatellite-recombinant genotypes. J. OF HEREDITY 101, 476-490.
  • Petersen, J.L., Ibarra, A.M., May, B. 2009. Thirty-seven additional microsatellite loci in the Pacific lion-paw scallop (Nodipecten subnodosus) and cross-amplification in other Pectinids. CONSERVATION GENETICS RESOURCES 1: 101-105.
  • Ibarra, A.M., Famula, T.R., Arcos, F.G. 2009. Heritability of vitellogenin in hemolymph, a pre-spawning selectable trait in Penaeus (Litopenaeus) vannamei, has a large genetic correlation with ovary maturity measured as oocytes mean diameter. AQUACULTURE 297, 64-69.
  • Hernández-Ibarra, N.K., Leitch, A.R., Cruz, P., Ibarra, A.M. 2008. Fluorescent in situ hybridization and characterization of the SalI family of satellite repeats in the Haliotis L. species (abalone) of the Northeast Pacific. GENOME 51,570-579.
  • Ibarra, A.M., Famula, T.R. 2008. Genotype by environment interaction for adult body weights of shrimp Penaeus vannamei when grown at low versus high densities. GENETIC SELECTION EVOLUTION 40, 541-551.
  • Petersen J.L., Ibarra A.M.,Ramírez J.L., May B. 2008. An induced mass spawn of the hermaphroditic lion-paw scallop, Nodipecten subnodosus: Genetic assignment of maternal and paternal parentage. J. OF HEREDITY 99: 337-348.
  • Ibarra, A.M., Racotta, I.S., Arcos, F.G., Palacios,E. 2007. Progress on the genetics of reproductive performance in penaeid shrimp. AQUACULTURE 268:23-43.
  • Ibarra, A.M., Pérez-Rostro, C.I., Ramírez, J.L., Ortega-Estrada, E. 2007. Genetics of the resistance to hypoxia in postlarvae and juveniles of the Pacific white shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei (Boone 1931). AQUACULTURE RESEARCH 38,838-846.
  • Ibarra, A.M., Petersen, J.L., Famula, T.R., May B. 2006. Characterization of 35 microsatellite loci in the Pacific lion-paw scallop (Nodipecten subnodosus) and their cross-species amplification in four other scallops of the Pectinidae family. MOLECULAR ECOLOGY NOTES 6, 153-156.
  • Arcos, F.G., Racotta, I.S., Palacios, E., Ibarra, A.M. 2005. Ovary development at the onset of gametogenesis is genetically determined and correlated with reproductive traits at maturity in shrimp Litopenaeus (Penaeus) vannamei. MARINE BIOLOGY 148, 339-346.
  • Cruz, P., Ibarra, A.M., Fiore-Amaral, G., Galindo-Sanchez, C.E., Mendoza-Carrion, G. 2005. Isolation of microsatellite loci in green abalone (Haliotis fulgens) and cross-species amplification in two other North American, red (H. rufescens) and pink (H. corrugate), abalones. MOLECULAR ECOLOGY NOTES 5, 853-855.
  • Ibarra, A.M., Arcos, F.G., Famula, T.R., Palacios, E., Racotta, I.S., 2005. Heritability of the categorical trait 'number of spawns' in Pacific white shrimp, Penaeus (Litopenaeus) vannamei. AQUACULTURE 250, 95 - 101.
  • Ibarra, A.M., Hernández-Ibarra, N.K., Cruz, P., Pérez-Enríquez, R., Ávila, S., Ramírez, J.L. 2005. Genetic certification of presumed hybrids of blue x red abalone (Haliotis fulgens Philippi and Haliotis rufescens (Swainson) in a commercial farm. AQUACULTURE RESEARCH 36, 1356-1368.
  • Arcos, G.F., Racotta, I.S., Ibarra, A.M. 2004. Genetic parameter estimates for reproductive traits and egg composition in Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei. AQUACULTURE 236, 151-165.
  • Maldonado-Amparo, R., Ramírez, J.L., Avila, S., Ibarra, A.M. 2004. Triploid lion-paw scallop (Nodipecten subnodosus Sowerby): growth, gametogenesis, and gametic cell frequencies when grown at a high food availability site. AQUACULTURE 235,185-205.
  • Pérez-Rostro, C.I., Racotta, I.S., Ibarra, A.M. 2004. Decreased genetic variation in metabolic variables of Litopenaeus vannamei shrimp after exposure to acute hypoxia. J. EXPERIMENTAL MARINE BIOLOGY & ECOLOGY 302, 189-200.
  • Cruz, P., Ibarra, A.M., Mejia-Ruiz, H., Gaffney, P.M., Pérez-Enriquez, R. 2004. Genetic variability assessed by microsatellites in a breeding program of Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei. MARINE BIOTECHNOLOGY 6, 157-164.
  • Pérez-Rostro, C.I., Ibarra, A.M. 2003. Heritabilities and genetic correlations of size traits at harvest size in sexually dimorphic Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) grown in two environments. AQUACULTURE RESEARCH 34 (12): 1079-1085.
  • Pérez-Rostro, C.I., Ibarra, A.M. 2003. Quantitative genetic parameter estimates for size and growth rate traits in Pacific white shrimp, Penaeus vannamei (Boone 1931) when reared indoors. AQUACULTURE RESEARCH 34(7): 543-553.
  • Maldonado-Amparo, R., Ibarra, A.M., Ramírez, J.L. 2003. Induction to tetraploidy in catarina scallop, Argopecten ventricosus (Sowerby II, 1842). CIENCIAS MARINAS 29(2): 229-238.
  • Cruz, P., Mejia-Ruiz, C.H., Pérez-Enriquez, R., Ibarra, A.M. 2002. Isolation and characterization of microsatellites in Pacific white shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei. MOLECULAR ECOLOGY NOTES, 2 (3), 239-241.

TESIS CONCLUIDAS:

Doctorado:

  • Claudia Ventura López, Doctorado, 2016: Identificación y evaluación de la expresión de genes relacionados con la reproducción en Litopenaeus vannamei, obtenidos a partir de librerías de tallo ocular y ovario.
  • Mayra Guadalupe Fuente Gómez, Doctorado, 2016: Evaluación de la función del gen de la miostatina en Nodipecten subnodosus a través de ARN de interferencia
  • Rosa María Morelos Castro, Doctorado, 2015: Caracterización del gen de la miostatina como un regulador negativo del crecimiento muscular en la almeja mano de león Nodipecten subnodosus y análisis de la expresión génica en el músculo aductor en respuesta al estrés nutricional.
  • Raúl Antonio Llera Herrera, Doctorado, 2013: Bases moleculares del arresto reproductivo en un pectínido triploide Nodipecten subnodosus.
  • Juan Pablo Alcantar Vazquez, Doctorado, 2010: Evaluación de los efectos de la triploidía en las diferentes etapas del desarrollo de la cabrilla arenera
  • Norma Karina Hernández Ibarra, Doctorado, 2008: Hibridación y alopoliploidía en abulón Haliotis rufescens y H. corrugata, y su certificación genética.
  • Bécquer Ubaldo, Doctorado, 2005: Genética de caracteres del crecimiento en camarón blanco del Atlántico, Penaeus setiferus.
  • Guadalupe Fabiola Arcos Ortega, Doctorado, 2004: Análisis fisiológico y genético del desempeño reproductivo del camarón blanco Penaeus vannamei (Boone, 1931).
  • Rosalío Maldonado Amparo, Doctorado, 2003: Poliploidía en moluscos de importancia comercial de almeja catarina Argopecten ventricosus, almeja mano de león Nodipecten subnodosus y abulón rojo Haliotis rufescens.
  • Carlos Iván Pérez Rostro, Doctorado, 2002: Variabilidad Genética del Crecimiento y Correlaciones Genéticas entre caracteres del crecimiento en un Pie de Cría de Camarón Blanco Penaeus vannamei (Boone, 1931).
  • Cesar A. Ruiz Verdugo, Doctorado, 2000: Inducción a la triploidía en almeja catarina Argopecten circularis: técnicas de inducción, y evaluación de crecimiento-madurez gonádica y composición bioquímica.

Maestría:

  • José Víctor López Flores, Maestría, 2015: Evaluación del patrón de expresión y localización de células de expresión del gen p33-RINGO/Speedy durante la gametogénesis de la almeja mano de leónNodipecten subnodosus diploide y triploide.
  • Roberto Ascencio Michel, Maestría, 2015: Heredabilidad y correlaciones entre caracteres de crecimiento y supervivencia del ostión japonés Crassostrea gigas (Thunberg, 1793) en El Cardón, Baja California Sur, México
  • Itzia López Cuadros, Maestría, 2014: Aislamiento y caracterización del gen Sxl (Sex-lethal) en camarón blanco del Pacífico Litopenaeus vannamei (Boone): expresión genética en el desarrollo.
  • Pavel Eduaro Galindo Torres, Maestría, 2014: Caracterización del transcrito del gen fem-1 (feminizer) en Litopenaeus vannamei y análisis de su expresión durante el desarrollo embrionario y gonadal
  • Sara de las Heras Saldaña, Maestría, 2012: Evaluación del desempeño reproductivo a través de la expresión de los genes vasa y TGF-B en diferentes líneas de Crassostrea gigas sometidas a diferentes temperaturas
  • Rosa María Morelos Castro, Maestría, 2011: Aislamiento y caracterización del gen de la miostatina en la almeja mano de león Nodipecten subnodosus y análisis de su expresión en diploides y triploides
  • José Luis Ramírez Arce, Maestría, 2009: Evaluación de la ventaja productiva y grado de esterilidad en triploides de almeja mano de león Nodipecten subnodosus (Sowerby 1835), como una alternativa para el cultivo en reservas o parques naturales del Golfo de California.
  • Karina Hernández Ibarra, Maestría, 2004: Poliploidía y ginogénesis en abulón rojo Haliotis rufescens, certificación genética de presuntos híbridos de abulón rojo y azul Haliotis fulgens, y cariotipos de las especies parentales.
  • José Martín Suárez González, Maestría, 2003: Interacción Genotipo - Medio Ambiente en el crecimiento de juveniles de camarón blanco Penaeus vannamei.
  • Armando Monge Quevedo, Maestría, 2001: Variabilidad genética en el consumo de oxígeno del camarón blanco Penaeus vannamei.
  • José Luis Gutiérrez, Maestría, 2000: Variabilidad genética de las poblaciones de abulón azul, Haliotis fulgens, en las costas de Baja California Sur.
  • Pedro Cruz Hernández, Maestría, 1998: Comparación de heterocigosidad y crecimiento en dos poblaciones de almeja catarina Argopecten circularis y sus cruzas reciprocas en Baja California Sur.
  • Rosalío Maldonado Amparo, Maestría, 1998: Análisis comparativo del crecimiento y desarrollo gonádico del cultivo del ostión triploide Crassostrea gigas (Thunberg, 1793) en dos zonas de cultivo del noroeste de México.

Licenciatura:

  • Roberto Ascencio Michel, Licenciatura, 2008: Análisis comparativo del crecimiento y supervivencia del ostión Crassostrea gigas diploide y triploide en diferentes medios ambientes del Noroeste Mexicano.
  • Rosa María Morelos Castro, Licenciatura, 2008: Aplicación de marcadores moleculares tipo microsatélites en estadios larvarios para la certificación de híbridos y análisis de parentesco.
  • Susana Carolina Tobar Hurtado, Licenciatura, 2008: Estudio gonadal comparativo de diploides y triploides de ostión japonés (Crassostrea gigas) crecidos en tres medios ambientes.
  • Ernesto Ortega Estrada, Licenciatura, 2004: Resistencia genética a hipoxia en postlarva y juvenil de camarón blanco Litopenaeus vannamei.
  • Danae Cabrera, Licenciatura, 2001: Variabilidad genética en el consumo de oxígeno del camarón blanco Litopenaeus vannamei en talla de cosecha.
  • Gabriel González, Licenciatura, 2001: Evaluación del efecto de la hormona esteroidal 17B-oestradiol sobre el sexo del camarón blanco, Litopenaeus vannamei y la Artemia, Artemia sp.
  • Liliana Carvalho S, Licenciatura, 1999: Tasa metabólica y tasa de aclaramiento entre grupos genéticos con grado de heterocigosidad variable: poblaciones, cruza, y líneas endogámicas de almeja catarina, Argopecten ventricosus (Sowerby II, 1842).

TESIS EN PROCESO:

Doctorado:

  • Roberto Carlos Arredondo Espinoza, Doctorado, 2016: Genes de respuesta a estrés térmico regulados por metilación en el ostión japonés Crassostrea gigas
  • Itzia López Cuadros, Doctorado, 2014: Estudio de la función del gen Sex-lethal (Sxl) sobre la determinación y diferenciación sexual en camarón blanco Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) a través de su inhibición por ARN de interferencia
  • Pavel Eduaro Galindo Torres, Doctorado, 2014: Mecanismos moleculares involucrados en la diferenciación sexual y la fidelidad del proceso meiótico en el Pectínido hermafrodita funcional Nodipecten subnodosus

ESTUDIANTES ACTIVOS EN EL POSGRADO CIBNOR:

  • Itzia López Cuadros, Pavel Eduaro Galindo Torres, Roberto Carlos Arredondo Espinoza
CONTACTO: aibarra@cibnor.mx